到康熙初年，随着大规模圈地活动的停止，原有《逃人法》的修订，此弊才基本被制止。
自汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”之后，以孔子思想为代表的儒家学说便成为我国封建社会历代王朝所尊崇的正统思想。清太宗皇太极、世祖福临均推行尊孔崇儒的政策，仍按明代嘉靖年间的封号尊称孔子为“至圣先师”。而孝庄皇太后等人则相反，认为“汉俗盛则胡运衰”，因而“辄加禁抑”，他们既不搞尊孔崇儒，更不设经筵日讲。然而康熙帝从治理国家的实际需要出发，坚信儒家学说有裨治道，因而对学习汉族传统文化有着强烈的欲望和浓厚的兴趣，主动向太监张某、林某学习句读经书，了解明代的典章制度和宫廷轶事。
康熙八年（1669年）四月中旬，即处置鳌拜前月余，康熙便采纳汉官建议，举行隆重的太学祀孔活动。他以极为虔诚的心情，在宫中致斋数日后，在诸王大臣陪同下亲往太学祭奠孔子牌位，行三跪六叩大礼，并至彝伦堂听满汉祭酒司业等讲《易经》和《忆经》等精义。康熙十六年（1677年）十二月，他还亲制《日讲四书解义序》，进一步抬高孔子、孟子的地位和作用，将道统和治统完全统一起来，称：“道统在是，治统亦在是矣。历代圣贤之君创业守成，莫不尊崇表章，讲明斯道”，表明自己以儒家学说治理国家的决心。康熙二十三年十一月，他第一次南巡归途经过山东曲阜，特地到孔庙祭奠孔子，行三跪九叩之礼，御书“万世师表”额悬挂大成殿中，决定重修孔庙树立孔子庙碑，并亲自撰写碑文“以昭景行尊奉至意”。这些崇孔活动及康熙从中表现出的至诚态度，无疑使汉族士大夫倍觉亲切，甚至颇为感动。