第二阶段是从1995—2003年《中华人民共和国中外合作办学条例》颁布前。20世纪90年代初期，随着中国改革开放的深化以及高等教育国际化步伐的加快，一小部分高校开始尝试与境外教育机构之间以合作办学的形式创建合作教育机构或项目，共同培养学生。原国家教委于1995年1月26日正式颁布实施《中外合作办学暂行规定》，从此，中外合作办学迅速发展起来。根据教育部的统计，截至2002年年底，全国共有中外合作办学机构和项目712个，比1995年增加了10倍多，覆盖了28个省、市、自治区，其中以东部沿海为主。这一阶段主要特征是学历教育的中外合作，其表现形式是经过教育部或地方政府、教育主管部门批准的中外合作教学项目和机构，从无到有，迅速增加，但也出现了某些学校以中外合作办学为名片面追求经济利益的问题。[89]
第三阶段是从2003年3月颁布《中华人民共和国中外合作办学条例》（以下简称《条例》）至今。《条例》明确了“国家鼓励引进外国优质教育资源的中外合作办学”的方向，规定“国家鼓励在高等教育、职业教育领域开展中外合作办学，鼓励中国高等教育机构与外国知名的高等教育机构合作办学”，并提出了“扩大开放、规范办学、依法管理、促进发展的方针”[90]。在这一阶段，中外合作办学呈以下几个趋势：办学规模逐步扩大，办学层次逐渐提高，办学模式也趋于多样化，重点在引进国外优质教育资源。这一阶段的主要特征是多层次的学历教育，从中学、专科、本科到研究生，其表现形式主要还是机构和项目的合作。以引进国外优质教育资源为核心的中外合作办学开始呈现中外互动、优势互补、良性发展的局面。